研究生招生辦公室負責研究生招生工作，為研究生提供招生信息、招生指南、招生政策等服務，并負責研究生招生考試的組織、實施和管理。

研究生教育管理辦公室負責研究生的教育管理工作，為研究生提供學籍管理、學分管理、學位管理等服務，并負責研究生的學術活動管理。

研究生就業指導中心負責研究生就業工作，為研究生提供就業指導、就業咨詢、就業政策等服務，并負責研究生就業活動的組織、實施和管理。

研究生創新創業指導中心負責研究生創新創業工作，為研究生提供創新創業指導、創新創業咨詢、創新創業政策等服務，并負責研究生創新創業活動的組織、實施和管理。

溫州醫學院研究生部以“責任、創新、服務”為宗旨，以“培養高素質、創新型、應用型研究生”為目標，努力為研究生提供優質的服務，為社會培養更多的高素質人才。