雖然試管輔助孵化技術在幫助某些不孕癥患者實現懷孕夢想方面取得了顯著的成功，但也存在一些弊端和風險，如在試管輔助孵化過程中，通常需要使用激素藥物來刺激卵巢產生多個成熟卵子。這些藥物可能會導致一些副作用，如頭痛、惡心、乳房脹痛等。

試管嬰兒輔助孵化有可能在孵化的過程中傷害到胚胎，這不僅會提高胎兒畸形率，還會增加單卵雙胞胎的風險，并出現連體嬰兒等情況。

另外，胚胎輔助孵化指的就是胚胎移植的過程中，通過一些人為的方式來進行輔助孵化，從而增加胚胎破殼而出的幾率，但在這個過程中有可能出現宮外孕的，因為在胚胎移植的過程中，胚胎有可能游走至輸卵管，在輸卵管著床而形成宮外孕。

試管輔助孵化是一種特殊的輔助技術，通常適用于女性年齡超過37歲、具有高FSH水平或低卵巢儲備、多次體外受精失敗、胚胎質量不佳，以及冷凍胚胎等情況，可以起到提高妊娠率的作用。而早期胚胎輔助孵化的3大好處主要為：

1、使透明帶變薄

早期胚胎輔助孵化的作用之一就是在移植前，讓胚胎提前破裂或者讓透明帶變薄，可以讓胚胎在移植后更加順利的破殼而出，利于胚胎與子宮內膜接觸，產生相應的激素提高試管成功率。

2、增加胚胎著床率

一般情況下，高齡女性都需要做早期胚胎輔助孵化，這是因為隨著年齡的增加透明帶通常會更厚更硬，而且失去彈性，這樣依靠自然孵化很困難，而輔助孵化可以提高胚胎的著床率。

3、減少凍融胚胎解凍時間

在凍融胚胎過程中，如果有一個或者幾個卵裂球死亡，或者胚胎碎片率大于20%的時候，一般都和溶素分泌不足有關，這會直接導致透明帶不易別溶解，而輔助孵化技術可以減少凍融胚胎解凍的時間。