水井坊遺址的發現是在20世紀的九八年，這年的八月四川全興股份有限公司在曲酒生產車間改造廠房時，發現了地下埋藏有古代釀酒的遺跡，于是在1999年由多家考古、研究單位的挖掘下，“發現了不同時代的酒窖、晾堂、灶坑、蒸餾器基座、灰坑、灰溝、路基（散水）、木柱及柱礎、墻基等遺跡，以及大批的瓷器和陶器殘片、獸骨等遺物。”