接種新冠病毒疫苗會出現常見的不良反應，也出現一些嚴重的不良反應引起的疾病和并發癥，目前已知引起的罕見疾病有讓牛津大學和英國阿斯利康制藥公司暫停新冠病毒疫苗臨床試驗的橫貫性脊髓炎，美國強生新冠病毒疫苗引發的罕見神經系統并發癥格林巴利綜合癥，和接種強生、阿斯利康和楊森等新冠病毒疫苗后出現的吉蘭-巴雷綜合征的病例。