發酵工藝中常規的控制指標是雜質、甲醇和雜醇油。雜質是原料中多余的成份；果殼中所含的果膠酶容易產生甲醇；原料中蛋白質含量過高則容易產生雜醇油。目前牛欄山酒廠為了保證產品的質量，在進入發酵工藝之前，還要通過粉碎清蒸的工藝過程，首先把雜質和果殼去掉；然后通過確定合理的發酵溫度和發酵時間把多余的蛋白質消耗掉，達到牛欄山釀制優質酒所要求的標準。